Tutkimushankkeissa tehdään yhteistyötä yli organisaatiorajojen sekä kotimaisten että ulkomaisten kumppanien kanssa. VATT:n tutkijat käyvät vierailuilla yliopistoissa ja tutkimuslaitoksissa, ja VATT:n tutkijoiden yhteistyökumppanit vierailevat VATT:ssa joko seminaariesiintyjinä tai pitemmillä tutkijavierailuilla.
Tärkeä strateginen kumppani Economicum-kampuksella on uusi taloustieteen tutkijakouluyksikkö Helsinki Graduate School of Economics. Aalto-yliopiston, Hankenin ja Helsingin yliopiston taloustieteen laitosten yhteenliittymästä muodostuu laaja osaamiskeskittymä, joka turvaa alan tutkijoiden koulutuksen sekä pystyy tarjoamaan myös kansainvälisille tutkijavierailijoille vireän tutkimusympäristön.
VATT kuuluu yhdeksän eurooppalaisen taloustieteen tutkimuslaitoksen ja yliopiston muodostamaan verkostoon EconPol Europe – European Network for Economic and Fiscal Policy Research. ifo-instituutin vuonna 2017 perustama verkosto tarjoaa tutkimusnäyttöön perustuvaa tietoa eurooppalaisen talous- ja finanssipoliittisen keskustelun tueksi. VATT on myös jäsenenä eurooppalaisessa työmarkkinatutkimuslaitosten verkostossa ELMI – the Network of European Labour Market Research Institutes. Verkoston perusti vuonna 2022 yksitoista eurooppalaista tutkimuslaitosta, jotka ovat erikoistuneet politiikkarelevanttiin työmarkkinatutkimukseen. VATT tekee myös tiivistä yhteistyötä poikkitieteisissä STN-hankkeissa yliopistojen ja muiden tutkimuslaitosten kanssa.